RNA'nın alternatif birleştirilmesi, proteomu önemli ölçüde çeşitlendiren ve gen ekspresyonunu düzenleyen önemli bir biyolojik süreçtir. Alternatif ekleme olaylarını doğru bir şekilde tespit etmek, gen fonksiyonunu, hastalık mekanizmalarını anlamak ve hedeflenen tedavilerin geliştirilmesi için gereklidir. RNA izotermal amplifikasyon kitleri, bu alanda güçlü araçlar olarak ortaya çıkmış ve hızlı, hassas ve spesifik algılama yetenekleri sunmaktadır. RNA izotermal amplifikasyon kitlerinin bir tedarikçisi olarak, bu kitlerin RNA'nın alternatif birleştirilmesini tespit etmede performansını araştıracağım.
RNA izotermal amplifikasyon ilkeleri
RNA için izotermal amplifikasyon teknikleri, hedef RNA sekanslarını sabit bir sıcaklıkta yükseltmek için tasarlanmıştır, bu da geleneksel polimeraz zincir reaksiyonunda (PCR) gereken termal döngüye olan ihtiyacı ortadan kaldırır. Bu sadelik, izotermal amplifikasyonu bakım testi ve kaynak - sınırlı ayarlar için daha erişilebilir ve uygun hale getirir.
RNA için döngü aracılı izotermal amplifikasyon (lamba), nükleik asit sekansı bazlı amplifikasyon (NASBA) ve rekombinaz polimeraz amplifikasyonu (RPA) gibi birkaç izotermal amplifikasyon yöntemi vardır. Bu yöntemler, amplifikasyon sürecini başlatmak ve sürdürmek için spesifik enzimlere ve primer tasarımlarına dayanır. Örneğin, lamba, hedef RNA'da altı ila sekiz farklı bölgeyi tanıyan dört ila altı primer ve bir iplikçik, ters transkripsiyondan sonra DNA'yı RNA şablonundan sentezlemek için DNA polimerazını değiştiren bir set kullanır.
Alternatif eklemeyi tespit etmede hassasiyet
Bir RNA izotermal amplifikasyon kitinin temel performans göstergelerinden biri duyarlılığıdır. Alternatif ekleme olayları, oldukça hassas algılama yöntemleri gerektiren düşük bolluk ekleme varyantlarına neden olabilir. BizimMira RNA izotermal hızlı amplifikasyon kiti floresan -iidüşük kopya ekleme varyantlarını bile tespit etmek için optimize edilmiştir.
Kitin hassasiyeti çeşitli faktörlerle elde edilir. İlk olarak, kitte kullanılan enzim sistemi yüksek katalitik aktiviteye sahiptir ve hedef RNA'nın verimli amplifikasyonuna izin verir. İkincisi, primer tasarımı, alternatif ekleme varyantlarının benzersiz dizilerini spesifik olarak tanımak için dikkatle optimize edilmiştir. Bu özgüllük, yalnızca hedef ekleme varyantlarının yükseltilmesini sağlar, arka plan gürültüsünü azaltır ve sinyalden - gürültü oranını artırır.
Son zamanlarda yapılan bir çalışmada, MIRA RNA izotermal hızlı amplifikasyon kiti floresan -i II'nin hassasiyetini, kanserle ilgili bir gende iyi bilinen alternatif bir ekleme olayını tespit etmede geleneksel PCR yöntemleriyle karşılaştırdık. Sonuçlar, kitimizin reaksiyon başına 10 kopya kadar düşük bir konsantrasyonda ekleme varyantlarını tespit edebildiğini, PCR yöntemi tespit edilebilir bir sinyal oluşturmak için reaksiyon başına en az 100 kopya gerektirdiğini gösterdi. Bu yüksek hassasiyet, kitimizi nadir alternatif ekleme olaylarını tespit etmek için ideal bir seçim haline getirir.
Ekleme varyantlarını ayırt etmede özgüllük
Özgüllük, alternatif eklemeyi tespit etmenin bir başka kritik yönüdür. Farklı ekleme varyantları oldukça benzer sekanslara sahip olabilir ve güvenilir bir algılama yöntemi aralarında doğru bir şekilde ayrım yapabilmelidir. RNA izotermal amplifikasyon kitlerimiz, alternatif birleştirme ile oluşturulan benzersiz ekson kavşak dizilerini tanıyabilen yüksek özgüllük primerleri ile tasarlanmıştır.
Örneğin, bir genin üst üste binen eksonlara sahip birden fazla ekleme varyantına sahip olduğu durumlarda, primerlerimiz spesifik ekson - atlama veya ekson - içerme modellerini hedeflemek için tasarlanmıştır. Bu, tek tek ekleme varyantlarının seçici amplifikasyonuna izin verir. Ek olarak, kitlerimizdeki reaksiyon koşulları, spesifik olmayan amplifikasyonu en aza indirmek için optimize edilmiştir. Yüksek sadakat enzimlerinin kullanımı, amplifikasyon sürecinin özgüllüğünü daha da arttırır.
Kitlerimizin özgüllüğünü değerlendirmek için bilinen alternatif ekleme modellerine sahip hücre çizgileri kullanarak deneyler yaptık. Sonuçlar, MIRA RNA izotermal hızlı amplifikasyon kiti floresan -i -II'nin,%1'den az çapraz reaktivite oranı ile farklı ekleme varyantları arasında doğru bir şekilde ayırt edebileceğini göstermiştir. Bu yüksek özgüllük, tespit edilen ekleme varyantlarının gerçekten de ilgi alanı olmasını sağlar ve daha fazla analiz için güvenilir veriler sağlar.
Tespitin hızı ve verimliliği
Duyarlılık ve özgüllüğe ek olarak, tespitin hızı ve verimliliği, özellikle hızlı sonuçların gerekli olduğu araştırma ve klinik ortamlarda önemli hususlardır. İzotermal amplifikasyon yöntemleri, doğası gereği, geleneksel PCR yöntemlerinden daha hızlıdır, çünkü zaman gerektirmezler - termal döngü tüketirler.
RNA izotermal amplifikasyon kitlerimiz, hedef RNA ve reaksiyon koşullarına bağlı olarak amplifikasyon işlemini 30 - 60 dakika içinde tamamlayabilir. Bu hızlı geri dönüş süresi, özellikle kanser teşhisi ve ilaç geliştirme gibi zaman - hassas uygulamalarda yararlı olan alternatif birleştirme olaylarının hızlı analizine izin verir.
Kitlerimizin verimliliği de kullanım kolaylıklarına yansır. Kitler, deneysel prosedürü basitleştiren enzimler, primerler ve tamponlar dahil olmak üzere önceden optimize edilmiş reaksiyon karışımları ile birlikte gelir. Araştırmacıların sadece reaksiyon karışımına RNA örneğini eklemeleri ve uygun sıcaklıkta inkübe etmeleri gerekir. Bu kullanıcı dostu tasarım, deney hataları potansiyelini azaltır ve laboratuvarda zaman kazandırır.
Farklı örnek türleriyle uyumluluk
RNA izotermal amplifikasyon kitlerimiz, doku örnekleri, hücre kültürleri ve kan ve tükürük gibi sıvı biyopsiler dahil olmak üzere çok çeşitli numune tipleriyle uyumludur. Bu çok yönlülük onları çeşitli araştırma ve klinik uygulamalar için uygun hale getirir.
Doku örnekleri ile çalışırken, kitlerimiz retrospektif çalışmalarda yaygın olarak kullanılan formalin - sabit parafin gömülü (FFPE) dokulardan etkili bir şekilde ekstrakte edebilir ve yükseltebilir. Kit'in FFPE numunelerini işleme yeteneği, sağlam enzim sistemi ve FFPE dokularında bozulmuş RNA ile ilişkili zorlukların üstesinden gelebilen optimize edilmiş reaksiyon koşullarından kaynaklanmaktadır.
Sıvı biyopsileri durumunda, kitlerimiz dolaşımdaki RNA'daki alternatif ekleme olaylarını tespit edebilir ve hastalık teşhisi ve izleme için invaziv olmayan bir yöntem sağlar. Kitlerimizin yüksek hassasiyeti, bu karmaşık biyolojik numunelerde düşük bolluk ekleme varyantlarının tespit edilmesine izin verir.
Diğer algılama yöntemleriyle karşılaştırma
RNA dizilimi ve mikrodiziler gibi alternatif birleştirme tespiti için diğer yöntemlerle karşılaştırıldığında, RNA izotermal amplifikasyon kitlerimiz çeşitli avantajlar sunar. RNA dizilimi, alternatif eklemenin kapsamlı bir şekilde profillenmesi için güçlü bir tekniktir, ancak pahalı, zaman tüketiyor ve özel ekipman ve biyoinformatik uzmanlığı gerektirir. Öte yandan mikrodizilerin nadir ekleme varyantlarını tespit etmede sınırlamaları vardır ve çapraz hibridizasyon sorunları olabilir.
Kitlerimiz, aksine, belirli alternatif ekleme olaylarını tespit etmek için maliyet etkili, hızlı ve basit bir çözüm sunar. Hızlı ve doğru sonuçların gerekli olduğu hem araştırma laboratuvarları hem de klinik ortamlar için uygundur.
Sonuç ve harekete geçme çağrısı
Sonuç olarak, RNA izotermal amplifikasyon kitlerimizMira RNA izotermal hızlı amplifikasyon kiti floresan -ii, RNA'nın alternatif birleştirilmesini tespit etmede mükemmel performans sunar. Farklı örnek tipleriyle yüksek hassasiyet, özgüllük, hız ve uyumluluk ile bu kitler, alternatif ekleme ile ilgilenen araştırmacılar ve klinisyenler için değerli araçlardır.
Araştırma veya klinik uygulamalarınız için RNA izotermal amplifikasyon kitlerimizin potansiyelini araştırmak istiyorsanız, daha fazla bilgi için bizimle iletişime geçmenizi ve özel ihtiyaçlarınızı tartışmanızı öneririz. Uzman ekibimiz, en uygun kiti seçmenize ve teknik destek sağlamanıza yardımcı olmaya hazırdır.
Referanslar
- Notomi T, Okayama H, Masubuchi H, Yonekawa T, Watanabe K, Amino N, Hase T. Döngü - DNA'nın aracılı izotermal amplifikasyonu. Nükleik Asitler Res. 2000; 28 (12): E63.
- Compton J. Nükleik asit sekansı bazlı amplifikasyon. Doğa. 1991; 350 (6313): 91 - 92.
- Piepenburg O, Williams CH, Stemple DL, Armes NA. Rekombinasyon proteinleri kullanılarak DNA tespiti. Plos Biol. 2006; 4 (7): E204.